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Genomic signature using FCGR
by Jesús P. Mena-Chalco
Genomic signature using Chaos game representation of frequencies.
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| calculateFrecuencies(sequence, word)
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function freq = calculateFrecuencies(sequence, word)
% Funcion que calcula la frecuencia de 'word' en 'sequence'
% (frecuencia que considera agrupamientos sobrelapados/sobrepuestos)
n = length(sequence);
k = length(word);
possibilities = n-k+1;
freq = 0;
for i=1:possibilities
cont = 0;
% contamos las igualdades para cada letra de 'word'
for j=1:k
if sequence(i+j-1)==word(j)
cont = cont+1;
else
break; % si una letra es diferente, no es necesaria la comparacion con otras letras de la misma palabra.
end;
end;
% Si coincide 'word' al agrupamiento entonces sumamos 1
if (cont==k)
freq = freq+1;
end;
end;
freq = freq/possibilities;
end
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