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Genomic signature using FCGR
by Jesús P. Mena-Chalco
Genomic signature using Chaos game representation of frequencies.
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| makeMatrixOfWords (len) |
function actualMatrix = makeMatrixOfWords (len)
% Funcion que permite crear una matriz de patrones de palabras.
%
% len: representa el tamanho de la palabra a ser considerada en la matriz
% de palabras
matrixBase = {'C' 'G'; 'A' 'T'}; % configuracin de las bases
actualMatrix = matrixBase;
for k=2:len
M = {};
for i=1:2
row = {};
for j=1:2
% prefijo para cada cuadrante
prefix = char(matrixBase{i,j});
% copiamos la matriz actual para poder incrementar el prefijo
% en cada cuadrante
temporalMatrix = actualMatrix;
n = size(temporalMatrix,1);
% creamos una matriz con el patron de prefix*[actualMatrix]
for a=1:n
for b=1:n
temporalMatrix(a,b) = {[prefix char(temporalMatrix(a,b))]};
end;
end;
% concatenamos horizontalmente la matriz temporal
row = [row temporalMatrix];
end;
% concatenamos verticalmente la fila 'row'
M = [M; row];
end;
actualMatrix = M;
end;
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