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Genomic signature using FCGR

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from Genomic signature using FCGR by Jesús P. Mena-Chalco
Genomic signature using Chaos game representation of frequencies.

makeMatrixOfWords (len)
function actualMatrix = makeMatrixOfWords (len)
% Funcion que permite crear una matriz de patrones de palabras.
%
% len: representa el tamanho de la palabra a ser considerada en la matriz
% de palabras

matrixBase = {'C' 'G'; 'A' 'T'}; % configuracin de las bases
actualMatrix = matrixBase;

for k=2:len
    M = {};
	for i=1:2
        row = {}; 
		for j=1:2
            % prefijo para cada cuadrante
            prefix = char(matrixBase{i,j});
            
            % copiamos la matriz actual para poder incrementar el prefijo
            % en cada cuadrante
            temporalMatrix = actualMatrix;
            n = size(temporalMatrix,1);
            
            % creamos una matriz con el patron de prefix*[actualMatrix]
			for a=1:n
				for b=1:n
					temporalMatrix(a,b) = {[prefix char(temporalMatrix(a,b))]};
                end;
            end;
            
            % concatenamos horizontalmente la matriz temporal
            row = [row temporalMatrix];
        end;
        
        % concatenamos verticalmente la fila 'row'
        M = [M; row];
    end;
  
    actualMatrix = M;
end;

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