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Introdução à Análise de Dados com MATLAB aplicada a Life Science

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Slides and demo files from the recorded webinar.

TissueMets_script.m
%% TISSUEMETS_script
% Anlise de % de metastasis
% Exemplo baseado no original:
% Copyright 2002-2008 The MathWorks, Inc. Modification
% of Bob Bemis's original work by Brett Shoelson, PhD
% brett.shoelson@mathworks.com 1/6/06

%% Inicializao: limpar Workspace e tela
clear all;close all;clc;

%% Abrir e examinar uma imagem
% Leitura do arquivo de imagem
imgDir = 'C:\Users\Elia\Documents\_Webinars\LifeScientists\MATLAB\Directory\';
imgName= 'A-lots of mets example.tif';
rgbImg = imread([imgDir imgName]);
% Exibir imagem
figure;
imshow(rgbImg)
title('Imagem Original');
shg

%% Examinar imagem com 'imtool'
% Obter informaes, explorar cores
toolfig = imtool(rgbImg);

%% Chamada da funo de anlise...
metsFraction = TissueMetsFcn(imgDir,imgName);
%% 'Browse/Select' (escolher um arquivo)
imgDir = 'C:\Users\Elia\Documents\_Webinars\LifeScientists\MATLAB\Directory\';
[filename,pathname]=uigetfile([imgDir '*.tif']);
figure;
h = gcf;
set(h,'Position',[173 198 1363 471]);
mf = TissueMetsFcn(pathname,filename);

%% Automatizar o processo para vrios arquivos de imagem
% Obter o nome de todos os arquivos .tif no diretrio
allImages = dir([imgDir '*.tif']);
allImages(1).name
% Processar todos os arquivos do diretrio
numIms = length(allImages);
mf = zeros(numIms,1);
for ii=1:numIms
    figure;
    h = gcf;
    set(h,'Position',[173 248 1363 521]);
    mf(ii) = TissueMetsFcn(imgDir,allImages(ii).name);
end

%% Armazenar os resultados
% Alternativa 1: armazenar os resultdos no formato .mat do MATLAB
save('MyTissueAnalysis','imgDir','allImages','mf');
% Alternariva2 : armazenar os resultados em uma planilha do Excel
numIms = length(allImages);
data = cell(numIms+1,3);
data(1,:) = {'Imagem' '% Metastasis' 'Data da anlise'};
data(2:end,1)={allImages.name};
data(2:end,2)=num2cell(mf);
data(2:end,3)=cellstr(repmat(datestr(now,'dd/mm/yyyy'),numIms,1));
xlswrite('My_Archive.xls',data);
%% PUBLISHING: TissueMets_publish

%% GUI: TissueMets_GUI

%% PARALLEL COMPUTING

%% DEPLOYMENT

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