[Beginner] How to identify the object from the boundary point sets

Dear all,

I try to calculate the intensity of my biological samples within a range of interest (ROI). First, I already get the boundary of my samples by using " bwboundaries" function from a binary image. Next, I shirnk the boundary by certain pixels by using "imerode" method. Now I get the new shrinked boundary points.

My problem is

1) how to form the boundary by using these new shrinked boundary points (connecting all the points)

2) how to fill the hole inside the boundary

3) how to identiy the new shrinked object. ( by using "regionprops" function?).

Thank you

I try to use "convhull". but this one does not look good..

Here is my script:

clear;clc;

im_blank = zeros(800,800);

x = [135 136 136 135 136 136 137 136 136 138 136 136 137 136 136 135 136 136 136 136 137 137 136 139 138 140 140 143 142 144 145 145 147 148 148 149 150 150 148 150 151 152 153 154 157 157 157 158 159 160 160 160 160 162 163 163 163 164 166 167 169 167 167 171 172 173 175 175 175 175 176 177 178 179 180 181 180 182 181 183 184 184 186 187 187 187 188 187 186 185 184 183 183 181 182 180 180 179 180 180 179 179 178 178 177 177 176 176 179 178 181 181 185 185 186 186 185 185 186 186 185 185 186 185 185 186 184 185 184 184 185 185 187 185 185 184 184 183 184 184 183 183 182 182 183 182 182 183 181 181 182 182 181 180 178 181 180 181 179 179 178 178 179 178 179 178 178 176 176 175 177 176 178 178 179 180 181 184 184 188 187 190 191 192 192 193 194 195 196 197 199 199 202 202 203 204 205 205 206 206 207 207 209 210 211 211 212 213 214 215 217 217 220 220 221 220 222 223 225 226 226 226 229 229 231 232 234 235 244 246 248 248 254 251 251 253 252 252 251 253 252 252 253 253 252 256 257 258 258 257 257 256 256 257 257 259 259 259 259 262 262 264 265 264 264 265 265 267 269 271 271 270 271 271 270 269 268 267 265 263 262 262 260 259 258 258 257 256 255 255 253 253 252 252 250 250 252 252 253 253 255 255 256 256 256 256 257 257 259 258 258 257 257 258 258 262 262 264 267 268 269 270 271 273 274 274 275 276 277 279 280 280 281 282 283 283 286 286 287 288 289 293 294 296 298 298 299 300 301 301 303 304 304 305 306 307 308 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 322 324 325 325 328 330 333 334 337 337 337 337 338 340 342 343 345 349 349 350 355 355 358 359 362 363 370 371 373 375 375 376 376 377 379 380 381 382 383 386 389 390 391 391 392 393 394 394 396 398 400 401 403 403 405 406 406 408 409 410 412 413 415 415 416 418 421 421 424 424 426 427 427 428 430 430 431 433 433 437 440 441 442 443 443 444 445 445 447 448 449 449 450 451 452 454 453 454 457 458 459 460 463 463 464 465 467 468 469 469 470 472 472 472 473 475 475 476 476 477 478 480 480 481 481 482 483 485 485 486 486 487 487 490 490 492 492 491 493 493 492 493 493 496 496 495 499 499 501 501 502 502 503 503 504 504 505 505 505 505 505 503 504 502 503 502 502 501 500 499 499 501 499 500 500 501 502 502 504 504 507 507 508 508 512 513 514 515 515 514 515 515 514 516 517 517 518 520 517 518 518 517 522 521 522 523 525 525 526 526 526 526 528 527 527 528 529 529 530 531 533 532 534 533 535 533 534 535 536 537 538 538 540 541 541 542 546 547 550 550 552 552 556 557 559 560 563 563 565 565 566 566 571 571 573 572 572 574 571 572 571 571 573 573 572 573 574 576 574 574 573 574 574 573 574 573 575 575 577 579 582 582 581 581 583 583 582 582 586 586 588 586 586 588 587 587 588 589 590 592 592 595 595 595 597 596 597 595 595 593 592 591 592 590 589 588 587 586 586 589 587 588 588 589 589 593 593 595 595 594 594 595 595 594 595 593 592 592 592 589 588 587 585 584 583 582 580 580 580 580 580 579 577 577 576 575 574 574 574 574 576 575 574 573 572 571 568 567 567 566 567 565 564 563 562 561 560 559 557 557 559 558 557 554 554 555 555 556 556 558 555 554 553 553 553 552 552 556 557 558 556 558 560 559 559 558 557 556 556 560 562 563 564 566 565 564 563 562 561 561 562 561 560 559 558 556 556 556 556 556 556 556 557 559 557 556 555 556 556 558 556 555 554 553 552 551 548 550 550 547 548 549 550 550 550 551 551 552 552 553 551 551 553 551 553 553 556 555 555 557 556 556 558 556 556 554 556 556 555 554 553 550 549 549 551 550 550 550 550 550 548 546 546 547 547 546 543 543 544 541 541 539 538 537 536 536 537 538 539 539 538 537 535 534 535 534 533 529 529 530 529 529 528 527 526 529 529 529 526 526 524 525 523 521 520 517 514 514 512 511 510 508 508 508 508 507 506 504 501 502 501 500 499 496 497 497 498 498 499 500 501 500 500 499 499 500 499 499 499 499 498 495 493 493 495 495 493 493 492 491 490 486 484 483 481 484 482 482 484 484 486 487 488 489 490 490 492 490 490 489 489 490 490 487 485 484 485 485 484 484 483 482 481 483 481 479 480 480 479 477 475 474 472 472 474 472 472 471 471 472 472 469 468 467 464 465 466 466 469 468 466 465 463 464 464 462 460 459 458 457 454 457 460 462 463 463 465 463 463 460 458 457 457 457 456 455 453 451 450 451 447 447 445 445 444 444 445 443 443 444 445 448 448 446 446 447 448 448 451 453 455 457 457 457 456 457 458 459 459 460 461 463 463 466 467 467 466 466 468 469 471 472 473 475 477 478 479 479 480 480 478 478 479 480 481 481 482 484 483 484 485 487 485 486 487 488 487 487 489 487 484 484 483 482 481 481 478 477 474 474 475 475 477 478 479 477 476 475 473 472 471 472 472 471 469 469 468 467 466 465 463 462 459 458 457 456 455 454 453 451 453 454 454 455 456 456 457 457 456 455 452 452 451 451 448 446 445 443 442 441 441 439 438 437 437 439 437 434 433 433 434 434 432 430 430 426 425 425 424 422 419 418 418 415 415 413 412 409 410 410 411 411 409 409 409 409 409 408 409 410 412 413 412 413 413 412 412 410 409 409 408 407 407 408 407 407 408 409 410 409 412 410 409 409 409 408 408 406 406 404 402 400 399 398 397 397 396 395 394 394 393 391 389 387 386 385 384 383 382 382 381 379 379 378 376 374 373 373 373 373 371 370 368 367 367 366 365 362 361 359 358 358 356 352 352 351 350 349 349 348 347 346 346 345 343 342 341 340 337 334 334 331 330 328 328 327 326 325 325 323 323 322 320 317 317 316 316 314 315 314 313 313 311 310 309 308 307 307 307 306 307 306 305 304 303 301 301 299 298 297 296 295 295 294 295 293 292 291 289 287 286 285 284 283 282 280 280 278 277 275 274 274 271 271 270 268 267 266 265 265 264 263 262 262 260 259 257 256 254 253 251 250 250 251 250 249 248 245 246 245 244 244 242 241 241 240 239 238 238 237 235 235 231 230 229 227 226 224 222 222 223 223 221 222 222 217 215 214 212 211 211 210 208 208 206 206 205 205 204 204 202 202 202 202 202 202 202 201 201 200 200 199 202 201 200 199 199 196 195 197 196 196 195 193 192 191 190 187 187 186 184 182 181 179 178 177 176 175 173 172 171 170 169 168 168 169 169 169 169 166 168 168 170 168 168 167 167 168 166 166 166 165 164 163 161 161 160 160 158 158 155 155 154 153 151 151 154 154 155 154 154 153 152 150 150 151 150 150 148 148 149 148 148 146 146 147 146 146 145 145 142 142 139 141 139 139 136 136 137 137 136 138 136 136 464 466 464 463 484 486 487 488 490 490 487 487 486 485 553 555 553 552 553 554 555 556 554 553];

y = [300 301 303 304 304 306 307 308 309 310 312 313 313 315 319 319 321 322 322 323 325 325 326 328 329 331 332 335 336 337 337 337 337 338 338 337 338 339 340 342 340 340 341 340 340 340 341 343 342 342 343 343 344 346 345 344 343 343 345 343 345 346 347 351 351 349 352 352 353 354 355 355 355 356 356 357 358 360 361 362 361 361 363 363 364 364 366 367 367 367 367 368 369 370 371 373 374 375 376 376 377 378 379 380 381 384 385 385 388 389 392 393 397 398 399 400 400 401 402 403 403 404 405 406 406 407 409 409 410 411 412 412 415 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 427 428 429 430 431 433 434 436 437 437 439 441 442 443 445 446 447 448 448 449 450 451 451 454 456 457 460 460 462 461 462 461 461 464 465 469 470 473 473 474 475 476 475 475 477 476 478 478 480 484 485 485 486 487 488 489 490 490 493 493 492 492 493 493 494 493 495 495 497 497 498 499 500 500 502 502 503 504 507 507 508 508 511 510 520 520 522 523 529 532 532 534 535 538 538 540 541 541 543 544 546 550 550 550 551 552 553 554 555 556 557 559 559 560 561 564 563 563 564 565 565 567 568 570 570 571 572 573 574 574 575 574 574 574 576 576 577 577 578 578 580 580 581 580 582 583 584 585 586 589 591 592 593 595 595 597 599 600 601 601 602 604 604 605 607 607 608 609 610 611 612 616 616 617 617 618 618 617 617 619 619 619 619 619 619 617 617 618 618 619 619 619 619 620 620 621 621 625 625 628 628 627 628 627 628 628 626 626 625 625 625 625 624 624 623 623 622 622 622 621 622 621 622 620 620 621 621 618 618 615 616 613 611 610 610 609 609 611 610 613 613 613 613 613 613 613 615 615 616 616 614 614 612 611 610 610 610 611 611 612 612 611 611 608 608 609 609 608 609 609 610 608 610 608 608 607 607 605 606 606 604 604 604 604 602 604 604 604 604 607 607 604 605 605 604 604 605 605 604 604 603 603 599 599 598 598 597 596 595 596 596 595 595 593 592 592 592 593 592 591 590 590 589 590 589 589 588 588 587 587 586 586 586 586 584 583 583 583 581 579 577 577 576 576 574 574 572 571 571 571 568 568 567 565 565 565 562 559 557 556 556 554 553 553 551 550 547 547 546 542 541 539 538 538 537 535 530 529 528 527 526 526 525 517 516 515 514 513 512 510 508 509 508 508 506 505 504 503 502 502 503 502 501 498 496 496 496 493 493 493 492 491 490 490 489 487 485 487 487 489 487 485 484 484 483 478 478 477 477 475 475 474 473 472 472 469 469 468 467 468 468 469 469 466 466 464 463 462 460 460 460 461 461 460 461 461 460 458 457 461 461 458 458 457 456 451 451 449 449 446 445 444 443 442 441 436 436 435 434 433 431 429 428 427 427 425 424 424 423 423 421 419 417 416 415 414 412 411 409 407 406 404 404 401 400 400 398 397 394 393 391 387 388 386 384 383 381 380 379 379 379 379 377 376 373 372 370 367 367 366 364 363 361 361 360 359 358 358 356 356 355 355 352 351 350 349 349 349 346 345 343 342 341 340 340 339 338 337 334 335 334 334 331 331 331 329 330 330 329 331 331 332 333 334 335 334 334 334 334 336 337 337 338 340 340 340 339 340 340 337 338 340 341 342 343 342 342 340 340 340 340 342 343 344 345 345 342 341 340 339 338 339 337 334 335 335 334 334 332 331 327 327 328 329 331 328 327 326 325 325 324 323 319 322 321 321 319 317 318 318 319 319 318 316 315 315 313 313 315 314 313 313 312 311 310 310 309 307 308 307 306 306 304 302 302 303 301 302 302 299 298 297 294 292 293 292 291 289 288 287 286 286 285 283 283 281 280 278 279 277 276 275 273 272 271 270 268 269 268 265 265 263 264 262 265 263 262 260 259 258 257 256 256 254 256 258 259 259 260 257 255 254 252 252 253 252 252 251 250 250 250 249 248 247 247 248 247 245 244 244 247 248 249 250 250 249 249 248 245 244 244 241 241 243 244 245 243 244 240 242 242 241 242 241 243 245 246 247 247 247 250 247 245 244 244 243 245 246 247 247 250 251 251 252 253 253 254 255 256 257 258 259 259 259 262 261 260 259 258 256 257 257 256 256 252 254 253 255 257 259 259 261 261 259 259 260 260 261 261 262 264 265 266 267 268 269 272 270 271 273 274 274 274 275 275 274 273 271 274 274 275 276 274 276 276 274 274 272 271 271 270 269 268 268 265 265 266 263 262 262 263 260 259 261 261 259 259 258 256 258 257 257 258 255 252 254 252 252 253 251 249 248 245 247 245 244 244 242 242 240 240 238 237 232 232 230 229 228 227 226 223 223 222 222 219 218 217 214 214 214 215 218 216 218 218 219 220 221 223 222 223 223 225 225 226 226 229 227 226 225 224 223 224 223 223 221 223 220 220 219 217 217 216 214 214 213 214 214 213 213 211 211 210 210 208 207 206 206 205 204 203 202 199 202 202 201 201 202 202 199 199 196 196 195 195 196 196 195 193 193 193 191 191 193 194 195 195 193 193 194 194 193 193 192 192 195 195 193 194 194 193 193 194 196 196 195 195 196 196 197 198 199 199 202 203 205 205 208 207 208 208 210 209 208 207 208 208 207 205 204 207 206 205 205 204 202 202 201 205 204 203 202 202 205 204 202 199 199 196 196 193 193 192 191 190 189 188 187 187 186 184 183 183 184 183 181 180 179 178 177 175 175 175 175 174 172 172 171 170 169 169 168 167 165 163 163 163 159 158 157 155 154 153 153 151 151 152 151 151 152 151 151 151 151 153 151 151 151 152 151 152 152 151 151 153 153 152 154 153 154 155 156 157 155 156 156 155 154 152 153 153 151 151 151 150 148 152 153 154 154 153 154 154 154 154 155 154 154 153 153 154 154 156 156 158 158 160 160 159 159 160 160 161 162 163 160 163 165 166 167 169 169 170 170 171 171 172 170 170 172 172 174 175 177 178 178 178 179 179 180 180 181 179 179 178 178 178 177 175 175 176 176 178 177 177 178 178 176 176 175 177 177 175 175 175 173 173 174 174 172 173 173 174 173 174 174 173 173 172 173 172 173 173 175 175 174 172 171 172 172 175 175 176 176 177 177 178 177 177 178 177 177 178 176 176 180 179 179 181 181 178 181 181 182 183 184 185 187 192 192 191 193 193 194 194 196 198 199 201 202 204 205 207 208 209 210 211 211 213 214 215 216 217 217 218 220 221 221 222 222 220 221 223 224 225 226 225 225 224 226 223 223 223 224 222 223 223 222 222 221 221 220 220 221 220 220 222 223 223 224 225 226 229 230 231 233 235 236 237 238 238 240 244 244 244 245 245 247 249 250 250 251 252 255 256 256 255 256 258 260 261 262 263 263 264 264 266 267 268 268 270 271 273 274 274 274 276 277 277 278 280 280 280 282 282 284 286 287 288 291 292 292 293 294 295 298 298 191 190 188 190 249 251 250 252 250 250 247 248 248 247 301 299 298 299 295 297 297 295 293 295];

for i = 1:length(x)

im_blank(y(i),x(i)) = 1;

end

imshow(im_blank)